Pasteur,
bulaşıcı hastalıklara karşı mücadelenin büyük öncüsü Edward Jenner’in
eserlerini de dikkatle incelemişti: XVII. yy’ın sonlarından beri, çiçek aşısı
yaygın biçimde uygulanıyordu ve Pasteur’ün de, çiçek aşısındaki virüsün çiçek
hastalığına karşı koruyucu bir rol oynaması gibi, çok güçlü olmayan
mikropların da güçlü olanlarının sebep oldukları hastalıklara karşı koruyucu
bir etkileri olabileceği yönünde güçlü sezgileri vardı. Çalışmalarını tavuk
kolerasına ve koyunlardaki şarbon hastalığına kaydırdı. 1879 yılında, çalışma
arkadaşları Emile Roux ve Charles Chamberland, tarihî bir hata yaparak bütün
kolera mikrobu kültürlerini etüvde unuttular: bu hata, Pasteur’ün, mikropların
zararlı etkilerini azaltmak için bir yöntem bulmasına imkân verdi: mikropları
zayıflatmak. Pasteur, kolera hastalığının bulaştığı tavuk kümeslerinde yaptığı
ilk deneylerden başarılı sonuçlar alınca, koyun sürülerini kırıp geçiren şarbon
hastalığına karşı da aynı yöntemle deneyler yapmaya girişti. 1881’de, Melun’de
Tarımcılar Birliği, yeni aşı yöntemini halka tanıtmak için bir kampanya ve
toplantı düzenledi. Bu gösteriye basının yanı sıra, Pasteur’ün karşıtları da
büyük bir ilgi gösterdiler. Bir tarlaya 50 koyunluk bir sürü getirildi. Pasteur,
bunlardan 25 tanesine şarbon aşısı yaptı, daha sonra sürünün koyunların hepsine
şarbon mikrobu verdi. Birkaç gün sonra basın, deneyin olağanüstü başarısını
büyük başlıklarla veriyordu: «aşılanmış» 25 koyun iyi durumda ayakta iken,
diğerlerinden 18 tanesi ölmüş, 7 tanesi de komaya girmiş bulunuyordu.
O
yıl, (1880) Pasteur, Fransız Akademisi’ne kabul edildi ve Légion d'honneur’ün
«büyük haç» nişanıyla ödüllendirildi. Bu tarihte çoktan beri, özellikle,
ailesinin memleketi olan Fransa’nın doğusunu kasıp kavuran kuduz hastalığıyla
ilgilenmeye başlamıştı. Çalışmalarına geri döndü ve pek büyük bir güçlük çekmeden
kuduz virüsünün azgınlığını azaltmayı başardı; ama kolayca tahmin edilebilecek
felsefî nedenlerle, bu yeni aşı tekniğini insanlar üzerinde denemekte tereddüt
ediyordu: kuduz, öldürücü bir hastalıktı. Ama, 1885 yılında, Joseph Meister
adında 9 yaşında bir çocuk, babası tarafından Pasteur’ün laboratuvarına
getirildi: çocuk kısa bir süre önce, kuduz bir köpek tarafından ısırılmıştı. Pasteur
ise, eğer herhangi bir çaba gösterilmezse, çocuğun acılar içinde kıvranarak
ölmesinin kaçınılmaz olduğunu biliyordu. Bu nedenle de, çocuğa aşıyı yaptı ve
herkesin bildiği gibi çocuk kurtuldu. Bu, o tarihte altmış üç yaşındaki bu adam
için büyük bir zafer oldu.